2013-2014 Güz yarıyılında lisansüstü öğrenci kabulüne başlayan AGÜ-Fen Bilimleri Enstitüsü, şu anda 9 farklı anabilim dalında 13 farklı lisanüstü programına kayıtlı 115 yüksek lisans ve 93 doktora öğrencisi olmak üzere toplam 208 (Aralık 2023 itibariyle) öğrenciye sahiptir. Enstitümüzde lisansüstü eğitim-öğretim programları İngilizce olarak yürülmekte olup, uluslararası bilimsel camiada fark yaratacak nitelikli lisansüstü çalışmaların yapılması ilke edinilmiştir. Dinamik, bilime gönül vermiş ve uluslararası tanınırlıklara sahip üstün nitelikli 11 Profesör, 10 Doçent, ve 50 Dr.Öğr.Üyesi ile Fen Bilimleri Enstitüsü'ne destek veren güçlü akademik kadro ile  AGÜ-Fen Bilimleri Enstitüsü, bilimin ışığında, nitelikli çalışmaların yapıldığı bir araştıma kurumu olma, AGÜ’yü ve ülkemizi uluslararası düzeyde tanınır hale getirme hedefindedir. Bu hedefe yönelik önemli çalışmalara imza atan öğretim üyelerimiz bir çok ulusal ve uluslararası bilim ödüllerinin de sahibidir. Enstitümüzde yapılan Yüksek Lisans ve Doktora çalışmalarının sonuçlarının topluma sosyal, ekonomik, bilimsel katkılar yapacak değelere dönüşmesine, küresel sorunlara çözüm sunmasına ve yüksek indeksli uluslarararası akademik dergilerde yayınlanmasına oldukça önem vermekteyiz. Lisansüstü öğrencilerimizin merkezinde yer aldığı bu yüksek lisans ve doktora çalışmaları Tübitak, Kalkınma Bakanlığı, Avrupa Birliği, AGÜ-Bilimsel Araştırma Programı gibi bir çok resmi kurum ve endüstriyel firmalar tarafından finanse edilmektedir. Enstitü bünyesinde açılan ve öğrenci kabul eden lisansüstü programlarımız aşağıdaki gibidir:

Yüksek lisans Programları:

  • İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji (Advanced Materials and Nanotechnology)

  • Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği (Electrical and Computer Engineering)

  • Endüstri Mühendisliği (Industrial Engineering)

  • Biyomühendislik (BioEngineering)

  • Mimarlık (Architecture)

  • Sürdürülebilir Kentsel Altyapı Mühendisliği (Sustainable Infrastructure Engineering)

  • Küresel Sorunlarda Politika Analitiği (Policy Analytics in Global Issues)

Doktora Programları:

  • Malzeme Bilimi ve Makine Mühendisliği (Materials Science and Mechanical Engineering)

  • Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği (Electrical and Computer Engineering)

  • Endüstri Mühendisliği (Industrial Engineering)

  • Mimarlık (Architecture)

  • Biyomühendislik (BioEngineering)

  • İnşaat Mühendisliği (Civil Engineering)